Разрешение на снос древних построек давала специальная комиссия по ликвидации культовых сооружений во главе с Всеволодом Балицким. Подобные комиссии начали создавать еще в 20-е с целью борьбы с религией и экспроприации церковного имущества. В состав этих комиссий входили чиновники, спасающие рабочий класс от «хлама прошлого», и работники культуры. Среди них оказался искусствовед Николай Макаренко. Он был единственным, кто не поставил подпись под приказом о сносе Михайловского Златоверхого монастыря и открыто критиковал постройку правительственной площади. Более того, писал первому секретарю Киевского обкома Павлу Постышеву и Иосифу Сталину с просьбами сохранить историческое памятники.
Протест Макаренко пытались игнорировать. На заседании археологической комиссии ему пришлось собственноручно написать в протоколе: «Н.Е. Макаренко решительно отказался по личным мотивам быть представителем Ликвидационной комиссии».
Николай Емельянович занимал должность директора Музея Богдана и Варвары Ханенко, исследовал древний Новгород, занимался раскопками скифских курганов и исследованием многих других древностей. Он был крупным ученым и археологом, поэтому ему многое прощали, но такая наглость стала пределом. Макаренко «убирали» постепенно.
В том же 1934 году его обвинили в контрреволюционной деятельности, арестовали и сослали на 3 года в Казань. Там Макаренко преподавал в техникуме, был консультантом в местном музее.
Через два года — снова арест. В этот раз обвинили в «контрреволюционной работе и клевете в отношении вождя ВКП(б) и руководителей правительства». Наказание было строже первого — три года в Томской исправительно-трудовой колонии № 2 — в сердце тайги, без права переписки.
В 1938 году Николая Макаренко расстреляли в Томской колонии, якобы за антисоветскую агитацию и участие в вооруженном восстании. Искусствоведа полностью реабилитируют лишь в 1989 году.
Тогда — Музей искусств Всеукраинской академии наук